Unggul dan terkemuka dalam pemaduan dan pengembangan pendidikan keislaman dan keilmuan bagi peradaban pada tahun 2025.

Misi

1. Mengembangkan pendidikan berbasis keislaman, ilmu pengetahuan, teknologi, seni (IPTEKS) dan keindonesiaan.
2. Mengembangkan budaya ijtihad penelitian dalam bidang kependidikan berbasis Islam.
3. Meningkatkan peran serta Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan dalam bidang pendidikan, kebudayaan nasional dan peradaban.
4. Meningkatkan kerjasama dengan berbagai pihak sebagai perwujudan Tridharma Perguruan Tinggi terutama di bidang pendidikan. 

Tujuan 

1. Menghasilkan sarjana, magister, dan doktor pendidikan yang mempunyai kemampuan akademis dan profesional yang integratif - interkonektif .
2.  Menghasilkan sarjana, magister, dan doktor pendidikan yang beriman,berakhlak mulia, memiliki kecakapan sosial dan manajerial,dan berjiwa kewirausahaan (enterpreunership) serta rasa tanggung jawab sosial kemanusiaan.
3. Menghasilkan sarjana, magister, dan doktor pendidikan yang menghargai dan menjiwai nilai–nilai keilmuan, kemanusiaan, dan keindonesiaan.
4. Menjadikan fakultas sebagai pusat studi yang unggul dalam bidang kajian dan penelitian pendidikan yang integratif interkonektif.
5. Membangun jaringan yang kokoh dan fungsional dengan para alumni dan lembaga sejenis di dalam dan diluar negeri.

Strategi 

1. Menyusun program dan kegiatan berdasarkan Renstra Kementerian Agama Republik Indonesia, Renstra dan Rencana Induk Pengembangan UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta.
2. Program dan kegiatan disusun dan dilaksanakan untuk mendukung program MBKM mengacu pada kebijakan Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia.
3. Peningkatan akreditasi program studi di FITK baik tingkat nasional melalui BAN-PT dan LAMDIK, maupun internasional.
4. Memberikan pendampingan dan pemantauan secara berkala terhadap pengembangan karir dan jabatan akademik dosen dan tenaga kependidikan.
5. Membangun kerjasama / kolaborasi penelitian dan pengabdian kepada masyarakat antara dosen dan mahasiswa pada tingkat nasional maupun internasional.
6. Peningkatan akreditasi jurnal di lingkungan FITK UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta.