Sejalan dengan perkembangan PTAIN, pada 1 Januari 1957 Akademi Dinas Ilmu Agama, [State College of Islamic Science] (Adia) didirikan di Jakarta berdasarkan Menteri Agama Nomor 1 Tahun 1957. Akademi ini dimaksudkan untuk meningkatkan kualitas guru Islam untuk sekolah menengah. Pada dekade pertama baik PTAIN maupun ADIA tumbuh dan berkembang secara dramatis. Dalam rangka meningkatkan kontrol kualitas institusi secara integral, PTAIN dan ADIA digabung menjadi lembaga baru bernama Institut Agama Islam Negeri [State Institute for Islamic Studies] pada 24 Agustus 1960 berdasarkan tingkat pemerintah No 11/1960. Lembaga ini terletak di Yogyakarta memiliki empat fakultas, yaitu Tarbiyah dan Adab di Jakarta dan Syari'ah dan Ushuluddin di Yogyakarta. Berdasarkan derajat No 26/1965 pemerintah, IAIN Yogyakarta diberi nama IAIN Sunan Kalijaga, nama berasal dari pengkhotbah Islam yang beredar di Indonesia yang memiliki kewenangan untuk melaksanakan semua empat fakultas di Yogyakarta.
Pada tahun akademik 1960-1961, Fakultas Tarbiyah dibuka di Yogyakarta sebagai bagian dari IAIN Sunan Kalijaga. Fakultas ini didirikan untuk mempersiapkan tenaga terampil dalam ajaran Islam guna memenuhi kebutuhan intelektual masyarakat dan negara, mengingat mayoritas penduduk Indonesia beragama Islam. Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional dan Menteri Agama Nomor 01/0/SKB/2004 serta Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 50 Tahun 2004, IAIN Sunan Kalijaga resmi berubah status menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga Yogyakarta. Transformasi ini mendorong pengembangan di berbagai bidang, termasuk manajemen dan akademik, serta menjalin kerja sama dengan berbagai pihak baik di dalam maupun luar negeri.
Semenjak terbit Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia No. 22 Tahun 2014 tentang Statuta UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta nama Fakultas Tarbiyah berganti dengan Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan atau disingkat FITK. Pada tahun 2025, FITK menawarkan 18 program studi yang telah terakreditasi dengan peringkat unggul dan terakreditasi internasional (FIBAA). Berikut adalah daftar program studi beserta jenjang dan status akreditasinya:
Program Sarjana (S1) sebanyak 9 Program Studi dan semua telah terakreditasi Unggul. Lima program studi juga sudah terakreditasi internasional (FIBAA). Berikut ini Program Sarjana di FITK saat ini:
- Pendidikan Agama Islam (Unggul/FIBAA)
- Pendidikan Bahasa Arab (Unggul/FIBAA)
- Manajemen Pendidikan Islam (Unggul/FIBAA)
- Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (Unggul/FIBAA)
- Pendidikan Islam Anak Usia Dini (Unggul/FIBAA)
- Pendidikan Matematika (Unggul)
- Pendidikan Fisika (Unggul)
- Pendidikan Kimia (Unggul)
- Pendidikan Biologi (Unggul)
Program Magister (S2) yang ditawarkan sebanyak 5 Program Studi. Dua program studi sudah terakreditasi internasional FIBAA. Berikut nama program studi Magister di FITK saat ini:
- Pendidikan Agama Islam (Unggul)
- Pendidikan Bahasa Arab (Unggul)
- Manajemen Pendidikan Islam (Unggul)
- Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (Unggul/FIBAA)
- Pendidikan Islam Anak Usia Dini (Unggul/FIBAA)
Selain itu, FITK juga menyelenggarakan tiga Program Doktor (S3) yaitu sebagai berikut:
- Pendidikan Agama Islam (Unggul)
- Pendidikan Bahasa Arab (Baik Sekali)
- Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (Baik)
Satu program studi Pendidikan Profesi Guru (PPG), sebagai satu-satunya Program Pendidikan Profesi di UIN Sunan Kalijaga juga telah mendapatkan akreditasi Unggul dari Lembaga Akreditasi Kependidikan tahun 2024.